A történet egy álommal kezdődik. Az álommal, hogy egy nap elnyerjük minden idők legjobb Pokémon mesterének címét. A rajzfilm nézője már az első percektől fogva egy olyan fantasztikus világ kellős közepén találja magát, melyben kaland, veszély és legfőképp izgalmas szórakozás vár mindenkire. Az epizódok során hőseink, a három Pokémon tanító Ash, Brock és Misty, kalandjait követhetjük nyomon. Hármójukat egyetlen cél vezérli: mestereivé válni a pokémonoknak.
A történet minden egyes helyszínén, legyen az erdő, város, Pokémon-edzőterem, fennáll a lehetőség, hogy egy új pokémonnal találkozhatunk. Minden egyes kis szörny, összesen 150 fajta van, más és más tulajdonságokkal rendelkezik. A cél nem csak az, hogy hőseink legyőzzék őket, hanem az, hogy minél többet összegyűjtsenek belőlük, és kiképezzék őket. Időközben megismerkedhetünk magukkal a szörnyecskékkel is, kapcsolatok keletkeznek és alakulnak, s hamarosan rájövünk: a pokémonok nemcsak eszközei az előrejutásnak, hanem élő-érző szereplői a történetnek. Elvesztett és megnyert csaták során hőseink tapasztalatokat szereznek, kapcsolatba lépnek és megbarátkoznak a szörnyekkel. Minden pokémon különböző szükségletekkel és tulajdonságokkal bír, azaz saját egyéniséggel rendelkezik, s ez teszi mindannyiukat emberivé. Hőseink minél inkább megértik és oktatják őket, minél jobban törődnek velük, annál több segítségre számíthatnak a pokémonoktól, hogy elérjék céljukat: a legjobbaknak járó címe.